Introducción a la Bioinformática
Páginas importantes para un Bioinformático
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
https://www.pdb.org/pdb/home/home.do
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
¿Qué es la Bioinformática?
Es una ciencia multidisciplinaria, en la cual se puede definir como la interface entre dos ciencias (la informática y la biología) con el objetivo de ayudar y mejorar la calidad de la vida humana.
Este término se le atribuye a Paulen Hogewog.
Algunos sitios de web importantes:
Genbank:
Base de datos de secuencias genéticas pertenecientes al NIH, se crea en el año 1982, se actualiza cada 2 meses, consta con 106 trillones de datos, gratuita para cualquier persona, para acceder al sitio se utiliza la herramienta Blast.
Pubmed:
Es el principal motor de datos internacional que permite la búsqueda bibliografica para el trabajo científico y académico, es de acceso gratuito, su finalidad es brindar la mayor información al público en general.
Nature:
Fue creada en el año 1869 en Reino Unido, con temas basados en el aspecto biológico, se publica semanalmente, entre sus grandes ediciones se encuentran la estructura de ADN y el primer planeta extrasolar.
Internet
Es un conjunto descentralizado de redes de comunicación interconectadas, sirve de enlace entre redes pequeñas, permitiendo ampliar sus coberturas al hacerlas partes de una red global.
En ella se utiliza un lenguaje común que garantiza la intercomunicación de los diferentes participantes, este se conoce como protocolo TCP/IP.
TCP: Protocolo de Control de Transcripción
IP: Protocolo de Internet
Se creó en el año 1969 por Estados Unidos por motivos bélicos.
El internet se regula a través de:
IEFT: regula los protocolos de internet.
ICANN: asigna las direcciones de protocolo.
Servicios
Correo electrónico: permite enviar mensajes a cualquier persona en el mundo que disponga una cuenta.
Chat: conversaciones en tiempo real mediante el uso del teclado.
Además de transferencias de dinero, entretención, publicidad, etc.
Navegadores
Permite visualizar las páginas web a través de internet, mediante la interpretación del código HTML, algunos ejemplos son: internet explore, safari, mozilla, opera.
Buscadores
Es un sistema informático que busca archivos almacenados en servidores de la web, algunos ejemplos son: google, yahoo, altavista, etc.
Bases de Datos
Es una bodega que nos permite guardar grandes cantidades de información de forma organizada para que luego podamos encontrarla y disponer de ella fácilmente.
Su objetivo principal es organizar los datos en un conjunto de registros estructurados que permiten recuperar fácilmente la información.
Cada registro está compuesto por un número determinado de campos que contienen datos específicos.
Sistemas de Gestores de Bases de Datos
Son un tipo de software muy específico, dedicado a servir de interfaz entre la base de datos el usuario y las aplicaciones que utiliza.
La información debe ser no redundante.
Su propósito general es manejar de manera clara, sencilla y ordenada un conjunto de datos que posteriormente se convertirán en información relevante para una organización.
Aplicaciones
Las más usuales corresponden a la gestión de datos de empresas públicas y privadas; también, son ampliamente utilizadas en entornos científicos con el objetivo de almacenar información experimental.
Características
Organización: los datos están clasificados en base a un mismo contexto.
Independencia de los datos: cualquier aplicación puede hacer uso de ellos.
Reducción de la redundancia: evita la existencia de datos duplicados.
Tipos
Se pueden clasificar de acuerdo al contexto de la información, pudiendo ser:
Bibliográficas: contienen información sobre una determinada publicación.
Directorios: un ejemplo son las guías telefónicas en formato electrónico.
De texto completo: almacenan las fuentes primarias, contenido de colección de revistas científicas, etc.
De información química o biológica: todo relacionado con estas ciencias, puede almacenar estructuras, funciones, rutas, etc.
Estáticas: permiten solo lectura, utilizadas principalmente para almacenar datos históricos, ejemplos de ellas son los libros, atlas, etc.
Dinámicas: la información se puede modificar con el tiempo, permite actualizaciones, adiciones, ejemplos, youtube, falabella, etc.
Modelos de Bases de datos
Es una especificación que describe como una base de datos está estructurada y como puede ser utilizada, los modelos más conocidos son:
Jerárquica: se organiza en forma similar a un árbol al revés, donde un nodo padre puede tener varios hijos.
De red: permite que un mismo nodo tenga varios padres, lo cual no es posible en el modelo jerárquico.
De relaciones: todos los datos son almacenados en relaciones, por lo cual el orden jerárquico no tiene relevancia.
Bases de Datos Biológicas
Relacionada sobre las ciencias de vida, recogida de: experimentos científicos, literatura publicada, etc.
Contiene información de área s de investigación como la genómica, la proteómica, etc.
Algunos ejemplos son:
Bases de nucleótidos:
Genbank
DDBJ
EMBL-EBI:
Bases de Proteínas:
Swiss Prot: contiene secuencias revisadas conectadas y enlazadas.
Proteína Data Bank: es la base de datos de estructura terciaria 3D de proteínas qu han sido cristalizadas.
Otros ejemplos:
Taxonomy: clasificación taxonómica de organismos.
Pubmed: acceso gratuito al índice de publicaciones de la Biblioteca Nacional de Medicina.
OMIM: catalogo de genes humanos relacionados con informaciones genéticas.